In je home directory staat een bestand .Xdefaults. En als het niet bestaat kun je het natuurlijk aanmaken. Sommige programma's, zoals Netscape, xterm en xemacs kunnen met dit bestand geconfigureerd worden. Welke opties je in .Xdefaults kunt zetten is te vinden in een .ad-bestand (van application defaults) in de directory met documentatie van het desbetreffende programma. Voor Netscape is dat bijvoorbeeld /usr/share/doc/netscape-common-versie/Netscape.ad. Je kunt regels uit dat bestand kopiëren naar ~/.Xdefaults.
Om .Xdefaults opnieuw te laten inlezen kun je X opnieuw opstarten of xrdb -load .Xdefaults intikken.